وفقا للحاج عمر بيلا، فقد انخرطت الإدارة الاستعمارية بعد معركة غومبا، في صراع لا يرحم ضد المراكز القرآنية (الإسلامية) الكبيرة في فوته جالون. وكان شريف مختار بو احجار ممن شملهم الاعتقال، فاعتقل عام 1911 وسجن في كولا توكوسيري، وحوكم من قبل محكمة مقاطعة لابيه في نفس العام فحكم عليه بالسجن 4 سنوات، وحظر الإقامة في Fouta Djallon  5 سنوات أخر، وغرامة 500 F عما نسب إليه من أضرار لسكان  Koula Tossokèré.

وجرى ترحيله إلى مستعمرة فوتوبا في جزر لوس (حول كوناكري) حيث قضى عقوبته. كان سجن فتوبة مأوى جميع السجناء السياسيين ممن يمثل خطرا على الإدارة الاستعمارية.

ويقال إنه قبل مغادرته طلب شريف مختار من صديقه المقرب تييرنو ساريفو من دياري الإعتناء بابنه الشاب كجازالي وإنه أخذ حصاة صغيرة فوضعها في فمه مدة ثم أعطاها للشيخ وقال له: "احتفظ بهذه الحصاة حتى يكبر كجازالي قليلاً ويصبح واعيا فأعطه إياها، فليبقها في فمه مدة ثم يرمها بعيدا، ويجب أن يبقى هذا سرا بيننا. وقد أعدم صديق على يد الإرادة الاستعمارية.

وفقًا للرواة، فإن هذه هي الطريقة التي حصل بها Kkazzaly  على "التربية" الروحية؛ حيث لم يكن له شيخ بالمعنى التقليدي للمصطلح. والله أعلم.

هناك قصص قليلة عن إقامته في فوتوبا. ومع ذلك، نجد حكاية مفادها أن حارس زنزانته منعه من الخروج للوضوء فلما رفض الانصياع لأمر الحارس ضربه على كتفه، وظل الشريف مختار يتوضأ ثم يعود للصلاة ويخاطب الله (سبحانه وتعالى) بهذه الكلمات: "ضربني عبدك وأنا أتطهر لألتجئ إليك. امنحه مسامحتك وأعده إلى الطريق الصحيح.

بعد مدة لاحق جاء الحارس ليطلب منه العفو وأصر على أن يتلمذ على سجينه (الشيخ مختار) فصارا يقومان إلى الوضوء معا.